Il meccanismo tramite cui si formano i calcoli tonsillari è oggetto di dibattito, anche se sembra il risultato di accumulo di materiale conservato all'interno delle cavità tonsillari e orali, insieme con la crescita di batteri e funghi, come Leptothrix buccalis, a volte associata a tonsillite cronica.In altre parole, poiché la saliva contiene enzimi digestivi, il cibo intrappolato comincia a rompersi. In particolare l'amido o le parti di ; carboidrato nel cibo si sciolgono lasciando la parte più solida e più dura dei resti di cibo nelle tonsille.
Meccanismi alternativi sono stati proposti per i calcoli che si trovano nelle aree peritonsillari.
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